Η σωστή αναπνοή είναι απαραίτητη για την εύρυθμη λειτουργία του οργανισμού. Πολλά προβλήματα στην περιοχή του αυχένα και της μέσης ή ακόμη και προβλήματα στο έντερο επηρεάζονται σημαντικά από την έλλειψη σωστής αναπνοής. Στο Pilates γίνεται χρήση της διαφραγματικής αναπνοής για να ενεργοποιηθούν οι μύες του κέντρου και να δυναμώσουν οι κοιλιακοί και οι ραχιαίοι. Είναι απολύτως απαραίτητη και μέρος της τεχνικής Pilates και χωρίς αυτήν, δεν είναι δυνατόν να εκτελεστούν σωστά οι ασκήσεις με τη μέθοδο και να επιτευχθεί επίπεδη και δυνατή κοιλιά.